Jusqu'à la fin de sa vie, Marie Jaëll continue à étudier sans relâche tous les facteurs susceptibles, selon elle, d'influencer la perception, et par conséquent la qualité musicale des sons que l'on fait naître du piano : numérotation des doigts, vision de couleurs, feuilles d'arbres, aimants, morceaux de bois, orientation par rapport aux points cardinaux.

Selon elle, tous ces facteurs conditionnent l'audition intérieure des notes, avant même leur émission par la main éduquée du musicien.

Ses recherches aboutissent à la publication de plusieurs ouvrages :

• Le Toucher. Nouveaux principes élémentaires pour l'enseignement du piano, 2 vol., Paris, Heugel, 1894, II-73 pages + III-64 pages. Édition définitive sous le titre : Le Toucher. Enseignement du piano basé sur la physiologie, 3 vol., Paris, Costallat - Leipzig, Breitkop & Härtel, 1899, 93 + 84 + 88 pages.
• La Musique et la psychophysiologie, Paris, F. Alcan, 1896, VI-171 pages.
• Le Mécanisme du Toucher : l'étude du piano par l'analyse expérimentale de la sensibilité tactile, Paris, A. Colin, 1897, VIII-134 pages.
• L'Intelligence et le rythme dans les mouvements artistiques. L'éducation de la pensée et le mouvement volontaire, Paris, F. Alcan, 1904, 172 pages.
• Les Rythmes du regard et la dissociation des doigts, Paris, Fischbacher, 1906, 180 pages.
• Un nouvel état de conscience : la coloration des sensations tactiles, Paris, F. Alcan, 1910, VIII-111 pages.
• La Résonance du toucher et la topographie des pulpes, Paris, F. Alcan, 1912, XV-161 pages.